Die erste Besiedlung durch illyrische Volksstämme reicht bis etwa 2000 v.Chr. zurück, rund 1500 Jahre später vermischten sich die Illyrer mit den eingedrungenen Kelten. Um 15 v.Ch. war das ganze Gebiet für ein halbes Jahrtausend unter römischer Herrschaft. In dieser Zeit entstand die römische Reisestation Partanum, das heutige Partenkirchen, als Station an der Heerstrasse zwischen Brenner und Augsburg. Zu Anfang des 6. Jahrhunderts n. Chr. machten sich die ersten Bajuwaren im Tal ansässig. Garmisch, damals Germareskauue genannt, erscheint als germanische Siedlung und Sitz des Gaugrafen zuerst in Urkunden von 802.

1294 ging die gesamte Grafschaft in den Besitz des Hochstifts Freising über.

Eine wirtschaftliche Blütezeit erlebten beide Orte im Hochmittelalter. Partenkirchen war Hauptrottstätte im Handelsverkehr der Fugger und Welser von und nach Italien. Garmisch hatte seinen Haupterwerb in der Flößerei auf der Loisach, auf der damals so wichtige Güter wie Holz, Kalk, Kreide und Gips transportiert wurden. Diese Entwicklung wurde durch den 30-jährigen Krieg jäh unterbrochen, das ganze Tal verarmte.

Zu Beginn des 18. Jahrhunderts seufzte die Bevölkerung unter dem spanischen, zehn Jahre später unter dem österreichischen Erbfolgekrieg, um 1800 waren es die napoleonischen Kriege, die ihr schwer zu schaffen machte.

1802 kam die Grafschaft Werdenfels zu Bayern. Ein Markstein in der neueren Geschichte der Orte bildete das Jahr 1889: die Bahnverbindung mit München wurde fertiggestellt, der Fremdenverkehr setzte ein.